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| Rank | Matches | Goals | Points | ||||||||||||||||||||
| P | W | D | L | F | A | Diff. | |||||||||||||||||
| 1 | Zenit St. Petersburg | Russia | 30 | 18 | 7 | 5 | 53 | 33 | 20 | 61 | |||||||||||||
| 2 | FC Spartak Moskva | Russia | 30 | 17 | 8 | 5 | 50 | 30 | 20 | 59 | |||||||||||||
| 3 | PFC CSKA Moskva | Russia | 30 | 14 | 11 | 5 | 43 | 24 | 19 | 53 | |||||||||||||
| 4 | FC Moscow | Russia | 30 | 15 | 7 | 8 | 41 | 31 | 10 | 52 | |||||||||||||
| 5 | Saturn | Russia | 30 | 11 | 12 | 7 | 34 | 28 | 6 | 45 | |||||||||||||
| 6 | Amkar | Russia | 30 | 10 | 11 | 9 | 30 | 27 | 3 | 41 | |||||||||||||
| 7 | Dinamo Moscow | Russia | 30 | 11 | 8 | 11 | 37 | 35 | 2 | 41 | |||||||||||||
| 8 | Lokomotiv Moscow | Russia | 30 | 11 | 8 | 11 | 39 | 42 | -3 | 41 | |||||||||||||
| 9 | Khimki | Russia | 30 | 9 | 10 | 11 | 32 | 33 | -1 | 37 | |||||||||||||
| 10 | Tomsk | Russia | 30 | 8 | 11 | 11 | 37 | 35 | 2 | 35 | |||||||||||||
| 11 | FC Rubin Kazan | Russia | 30 | 10 | 5 | 15 | 31 | 39 | -8 | 35 | |||||||||||||
| 12 | Spartak Nalchik | Russia | 30 | 8 | 9 | 13 | 29 | 38 | -9 | 33 | |||||||||||||
| 13 | Krylya Sovetov | Russia | 30 | 8 | 8 | 14 | 35 | 46 | -11 | 32 | |||||||||||||
| 14 | Kuban | Russia | 30 | 7 | 11 | 12 | 27 | 38 | -11 | 32 | |||||||||||||
| 15 | Energiya V | Russia | 30 | 8 | 8 | 14 | 26 | 39 | -13 | 32 | |||||||||||||
| 16 | FC Rostov | Russia | 30 | 2 | 12 | 16 | 18 | 44 | -26 | 18 | |||||||||||||
